Indonesia mempunyai keanekaragaman ekosistem yang terdiri dari ekosistem alami dan ekosistem buatan. Ekosistem ini mencakup keanekaan bentuk dan susunan bentang alam, daratan maupun perairan, di mana makhluk atau organisme hidup (tumbuhan, hewan dan mikroorganisme) berinteraksi dan membentuk keterkaitan dengan lingkungan fisiknya. Contoh di Indonesia ada ekosistem padang rumput, lumut sampai mintakat padang es (nival) di puncak pegunungan Jaya Wijaya Papua, hutan hujan tropik Sumatera dan Kalimantan, bentangan terumbu karang di Bunaken, ekosistem padang lamun di Selat Sunda, dan ekosistem lainnya.

Keanekaragaman ekosistem Indonesia dibagi menjadi 19 tipe ekosistem alami yang tersebar di berbagai wilayah mulai dari Sumatera sampai ke Papua. Pada ke- 19 tipe ekosistem ini terbagi menjadi 74 tipe vegetasi yang tersebar hampir pada seluruh Bioregion yang ada di Indonesia (Kartawinata 2013). Variasi tersebut menunjukkan bahwa setiap ekosistem kaya akan kekayaan jumlah jenis flora dan fauna.

Keanekaragaman jenis adalah keaneragaman jenis organisme yang menempati suatu ekosistem, di darat maupun di perairan. Dengan demikian masing-masing organisme mempunyai ciri yang berbeda satu dengan yang lain. Sebagai contoh, di Indonesia ada enam jenis penyu yang berbeda, yaitu penyu hijau (Chelonia mydas), penyu sisik (Eretmochelys imbricata), penyu lekang (Lepidochelys olivacea), penyu pipih (Natator depressus), penyu belimbing (Dermochelys cariacea) dan penyu tempayan (Caretta caretta), yang masing-masing memiliki ciri fisik (fenologi) yang berbeda.

Keanekaragaman jenis tidak diukur hanya dari banyaknya jenis di suatu daerah tertentu tetapi juga dari keanekaragaman takson (kelompok taksonomi yaitu kelas, bangsa, suku dan marga). Kehati berdasarkan jenis dikelompokkan dalam dua bagian yaitu: (i) kehati yang hidup di ekosistem laut dan pantai (biota laut) dan (ii) kehati yang hidup di ekosistem terestrial (biota terestrial).

Keanekaragaman genetika adalah keanekaragaman individu di dalam suatu jenis. Keanekaragaman ini disebabkan oleh perbedaan genetis antar individu. Gen adalah faktor pembawa sifat yang dimiliki oleh setiap organisme serta dapat diwariskan dari satu generasi ke generasi berikutnya. Dengan demikian individu di dalam satu jenis membawa susunan gen yang berbeda dengan individu lainnya. Sebagai contoh dapat dilihat pada aneka varietas padi (misalnya Rojo lele, Menthik, dan Cianjur) atau mangga (golek, harum manis, dan manalagi).

Keanekaragaman genetika saat ini menjadi tumpuhan industry pertanian dan industri obat-obatan yang hingga kini sudah menghasilkan berbagai jenis obat dan varietas tanaman mulai dari tebu, buah, kentang, padi, jagung hingga hewan ternak. Sehingga keanekaragaman genetika menjadi bagian dari sumber daya kesehatan dan ketahanan pangan dari suatu negara, termasuk Indonesia. Kehilangan sumberdaya genetika akan mengancam kehidupan manusia dan sendi-sendi kehidupan makluk lain.

Keunikan geologi dan ekosistem Indonesia menyebabkan tingginya endemisitas fauna, flora, dan mikroba. Indonesia memiliki endemisitas jenis fauna yang sangat tinggi bahkan untuk beberapa kelompok seperti burung, mamalia dan reptil, memiliki endemisitas tertinggi di dunia.

Fauna Endemis

Fauna endemis Indonesia berjumlah masing-masing 270 jenis mamalia, 386 jenis burung, 328 jenis reptil, 204 jenis amphibia, dan 280 jenis ikan. Setiap kelompok takson pada masing- masing pulau di Indonesia menunjukkan angka tingkat endemisitas yang berbeda

Flora Endemis

Tingkat endemisitas flora Indonesia tercatat antara 40–50% dari total jenis flora pada setiap pulau kecuali pulau Sumatra yang endemisitasnya diperkirakan hanya 23%. Hasil analisis biografi mamalia kecil menunjukkan bahwa pulau- pulau kecil ternyata memiliki tingkat endemistas yang sangat tinggi seperti yang ada pada Pulau Flores, Enggano, Mentawai dan lain-lain (Maryanto dan Higashi 2011).

Ancamana Kepunahan Kehati Endemis Indonesia

Ancaman terbesar kepunahan kehati, terutama yang bersifat endemis adalah disebabkan oleh hilangnya habitat kehati. Kehilangan habitat terutama disebabkan oleh:
Kerusakan habitat, baik karena bencana alam, kebakaran hutan, pencemaran

• lingkungan dan perubahan iklim yang berakibat pada rusaknya habitat kehati
• Hilangnya habitat karena penggunaan hutan/habitat kehati untuk lahan pertanian, pertambangan, industri maupun permukiman. Peningkatan dari jumlah penduduk yang tidak diikuti dengan ketatnya pengawasan penggunaan tata ruang berakibat terus terbukanya hutan dan habitat kehati, sehingga kehilangan tempat hidup atau terbunuh/dibunuh karena dianggap sebagai pengganggu
• Pembunuhan flora/fauna karena nilai manfaat yang terkandung di dalamnya yang didorong oleh perdagangan yang tidak bertanggung jawab.